В "Ведомость по расчётам с поставщиками" если фильтрую по поставщику "ДЛ" вижу и контрагента "ДЛ", и контрагента "Деловые линии".
При этом если двойным щелчком в отчёте открываю хоть одного, хоть другого - открывается всегда один и тот же "ДЛ" (проверял, меняя наименование).

Галочка "Независимо вести партнёров и контрагентов" не установлена.

В чём может быть дело?

Ну так проверьте связь между партнёром и контрагентом.

(1) Как это сделать?
При попытке открыть справочник партнёров я попадаю в справочник контрагентов.
Там есть контрагент "ДЛ", контрагента "Деловые линии" нет.

Запросом в консоли,функцией основнойконтрагентпартнера (не точно, что-то типа такого)

Емнип,должнен быть РС связи

(4) Он не показывает форму. Видимо, потому что :
Галочка "Независимо вести партнёров и контрагентов" не установлена.

Если в консоль не можешь, то просто поиск ссылок на объект. И там будет на "Деловые Линии"

(5) Галочку могли снять, а в регистрах движения остались по партнерам.