Вобщем есть книга покупок, куда в графу 3 попадают СФ на аванс, а в графу 7(а) должны попадать по логике СФ на реализацию, которые этот аванс зачитывают. И так оно работало до середины февраля, а в какой то момент перестало.

Смотрю на СФ которые попадают и на которые не попадают и не вижу никакой разницы. В Табличной части "ПлатежноРасчетныеДокументы" СФ выданной есть данные по СФ на аванс которые зачитываются, но в книгу не попадает. Каким образом ERP связывает документы эти документы? Куда смотреть, где копать?

Смотрите на объекты расчетов. Можете проверить развернутое сальдо по 62 счету.
А таблицу платежных документов могли и ручками заполнить.