УПП. Справочник контрагенты. В конфигураторе длина текстового кода 9. Исторически номера идут 5тиразрядные.

Возникла потребность увеличить разрядность кода хотя бы до 6.

Вручную создал элемент с кодом
99999
а потом вручную элемент
000001.

но 1С при автонумерации выдает
99999, говорит что код не уникальный.

Как заставить 1С использовать большую разрядность?

(0) Перенумеровать.
1с слишком умная. Она по текущим данным определяет количество знаков.

Поле у тебя текстовой.
при сортировке сначала "0", потом только "9".

(0) Надо ко всем старым элементам приписать вначале "0". Тогда сработает.

+(3) Ну или перенумеровать по новой (если старые номера не важны).

(0) Придумать запись по префиксу.
Посмотрите, как реализовано в типовых конфигурациях.

Увеличить длину кода до 20-ти символов

И самое весёлое, если вы смените номер, то вызвать команду "ОбновитьНумерациюОбъектов()"

(5) а что значит придумать запись по префиксу?

(2) старые крайне не желательно трогать.. и "0" не добавлять

(6) Ну тогда по префиксу. Смотри типовые.

Сделал с префиксом узла..  все новые элементы будут с префиксом..