платформа 8.3.24.1667
конфигурация Далион
Обработка создание заказов поставщику, на форме есть компоновщик настроек. Есть отбор по номенклатуре, вид сравнения в списке, выбираем несколько значений, как на скриншоте.  Если хотим убрать какое либо значение оно полностью пропадает из выпадающего списка. в других отчетах где есть отбор, при отключении значения, оно остается в выпадающем списке, но со снятой галкой. От чего зависит данное поведение компоновщика?

Смотрите и сравнивайте обработчики событий в обработке и отчете, как визуально, так и программно устанавливаемые.
Плюс убедитесь, что компоновщик инициализируется одинаково. Плюс сравните как обычные настройки, так и пользовательские.