Пользователь выбрал каталог куда грузить, в откладке каталог открывается(потому что винда), а в коде пишет ошибку файл не обнаружен,потому что сервер линукс,как это обойти?

переделывать путь в коде, чтоб линух понял, прокатит?

я сделал СтрЗаменить(КаталогВыгрузки,"\","/"), но это не помогло всё также ругается

(1) как узнать путь?

(3) спросить сисадмина, под каким именем линукс видит вашу паку со свсоего сервера.

Наверное, пользователь выбирает путь на клиенте.
Файл искать надо на клиенте.

(0) а каталог на ПК пользователя или шаре виндовой?
Если шара - в Linux будет другой путь, нужно вручную через самбу подключать с логином-паролем.
Если каталог у пользователя - формируйте файлы на сервере, передавайте клиенту и сохраняйте на стороне клиента. В типовых много примеров (НачатьПолучениеФайлаССервера, НачатьПолучениеФайловССервера).

(6) Пользователь выбирает на клиенте файл,а на сервере выгружаются в него данные

Запись.ОткрытьФайл(КаталогВыгрузки + "/файл.xml", Новый ПараметрыЗаписиXML("UTF-8", "1.0", Ложь));                    Запись.ЗаписатьОбъявлениеXML();                    ОбъектXDTO = Новый ФабрикаXDTO;                    ОбъектXDTO.ЗаписатьXML(Запись, Keys);                    ОбъектXDTO.ЗаписатьXML(Запись, IDSystems);
Запись.Закрыть();

(7) Для начала надо файл с клиента на сервер передать.

(7) а кто дал доступ к рандомной папке пользователя с "голыми фотками" серверу 1С?

(8) А если создавать новый файл в этой папке,то как?

(10) Тогда нужно сначала файл сформировать на сервере, потом передать его на клиент, и уже на клиенте записать в выбранный пользователем каталог.

(11)+ На сервере использовать встроенные функции для работы с временным каталогом и именем файла
На клиенте через ДиалогВыбора

И да можно определять винда/линукс/макось/андроид и по разному пути формировать