Не понятно как устроен справочник. Не понятно какие настройки в отчете.
Но возможно поможет сделать 2 набора. Первый - иерархия справочника. Второй - данные РС. И соединить их между собой. То есть не строить иерархию с данными по РС. Ну или отдельно построить иерархию по РС (без данных по ресурсу) и отдельно второй набор
Основная теорема систематики: Новые системы плодят новые проблемы.