При обновлении конфигурации погибло хранилище.
Из основной(рабочей) базы хранилище было создано новое.
Теперь при восстановлении базы из (бекапа основной базы) и  при дальнейшей попытке подключиться к новому созданному хранилищу получаем тотальную реструктуризацию.
Какой то тупик что и где поломалось непонятно.

Снова убить хранилище. Сохранить в бэкап. Создать новое хранилище.