Правила обмена содержат и документы и справочники.
После первой выгрузки возможно изменение документов в базе источнике. Нужно, чтобы при повторной выгрузке справочники выгружались не с реквизитами, а только ссылки, а при загрузке соответственно не перезаписывались, а только находились по ссылкам.
Если, например, в параметры в конвертации добавить параметр булево "СправочникиПереноситьТолькоСсылки", то как его использовать?

ПКО ПередВыгрузкой:

НеЗамещатьОбъектПриЗагрузке = Параметры.СправочникиВыгружатьТолькоСсылки;


так?

ТолькоПолучитьУзелСсылки - Если Истина, то объект не выгружается - лишь формируется узел ссылки. В списке выгруженных - объект ищется.

Это свойство тоже установить в истина?

ПослеЗагрузки:
Если ОбъектНайден Тогда
    Отказ = Истина;    
КонецЕсли;

(0) Отличить "первую" выгрузку от повторной, насколько я знаю, невозможно. Можно отличить прямую выгрузку от выгрузки по ссылке в документе.