Есть процедура на клиенте, которая вызывает функцию с директивой &НаСервере. На клиентской процедуре точки останова работают, на серверной функции - нет. База на SQL.

-debug  в строке службы есть?

Запустил с параметром -debug, этого недостаточно?
Среди предметов отладки находит только тонкий клиент...

(2) этого не достаточно для клиент-сервера. Агент на сервере должен быть запущен с ключом -debug