Добрый день
Имеем 2 компьютера с Windows и 1С 8.3.13.1644 и Linux и 1С 8.3.13.1751. На обеих установлена одна и та же конфигурация. Делаем сохранение в файл, переносим на другой компьютер, сравнить-объединить (в любую сторону). Показывает различие в справочной информации почти всех объектов и форм, хотя справочная информация не редактировалась. Почему так?
Версии:
1. разные кодировки
2. разное представление концов строки (CR-LF в Windows и CR в Linux)

Если уж такими экспериментами заниматься, то я бы выгрузил из обоих баз конфигурацию поставщика и сравнивал их между собой, а не текущие.
Хотя, при обновлениях из CFU конфигурации поставщика тоже могут перестраиваться, если разрешен режим изменений с сохранением поддержки.