если отдано бабло (немалое) за интегрированное решение, то зачем ломать интеграцию? За что тогда деньги? Как (и когда) перестанут нормально поддерживать - тогда и можно купить отдельную бухию.
Не надо выносить Бухгалтерию в отдельную базу
TurboConf — расширение возможностей Конфигуратора 1С