Добавила в конфигурацию новый отчет.
Указала в качестве хранилища вариантов ХранилищеВариантовОтчетов.
В модуле менеджера добавила процедуру НастроитьВариантыОтчета().
В ВариантыОтчетовПереопределяемый добавила описание новой подсистемы в процедуру ОпределитьРазделыСВариантамиОтчетов(Разделы) и ВариантыОтчетов.НастроитьОтчетВМодулеМенеджера(Настройки, Метаданные.Отчеты.МойОтчет); в процедуру НастроитьВариантыОтчетов(Настройки).
В итоге в справочнике ВариантыОтчетов новая подсистема в списке разделов есть, а моего отчета - нет.