Здравствуйте, подскажите, пожалуйста, как исправить ситуацию.

По расчетному листку долг предприятия на конец равен 0, а по регистру Зарплата к выплате остаток на конец 3000.

есть фактический период расчетов, а есть бухгалтерский.
Настройки - Дополнительные настройки

А нужен ноль или что?

У нас стоит показывать взаиморасчеты по данным бух учета, да бухгалтера говорят что по всем отчетам должен быть 0. А у нас в отчете "Задолженность по зарплате" выходит 3000, а в расчетном листке 0

(3) Ищите, что дает разницу.
Делать лучше не встроенными отчетами, а (как минимум) запросами к регистрам.

этот отчет учитывает и по регистру Зарплата к выплате авансом. Поэтому у вас может быть переплата за счет аванса. А по каждому из регистров в отдельности остаток нулевой по этому сотруднику.

или не нулевой. Смотря где что переплатили/недоплатили