ВЫБРАТЬ РАЗРЕШЕННЫЕ
    ВЫБОР
        КОГДА ТЧПользователиГруппы.Пользователь ЕСТЬ NULL
            ТОГДА 0
        ИНАЧЕ ГруппыПользователей.Ссылка
    КОНЕЦ КАК группы
ИЗ
    Справочник.ГруппыПользователей КАК ГруппыПользователей
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ Справочник.ГруппыПользователей.ПользователиГруппы КАК ТЧПользователиГруппы
        ПО (ТЧПользователиГруппы.Ссылка = ГруппыПользователей.Ссылка)
            И (ТЧПользователиГруппы.Пользователь = &ТекПользователь)
ГДЕ
    ГруппыПользователей.Ссылка <> &ВсеПользователи

на выходе получается список со всеми группами пользователей, а нужно отобрать лишь те, в каких состоит текущий
неккоректный выбор когда?

Я конечно могу ошибаться но попробуй
ТЧПользователиГруппы.Пользователь = &ТекПользователь
В секцию где перенеси

(1) спасибо боьшое, точно