В номенклатуре код тэнвд стоит, а в помощнике при создании списка - не везде.
Почему?

Это фича, коды ТНВЭД, ОКПД и т.д. для контролируемых сделок хранятся в Р.С. Предметы контролируемых сделок.
Понять и простить, код ТНВЭД в номенклатуре появился года на 2 позже, чем началась эпопея с отчетностью по контролируемым сделкам.