ЗУП3. Задача создать из одних документов по одной организации, точно такие же другие с пересчетом данных.

Проблема, в том, что функционал (все процедуры и функции) вынесен в форму. Т.е чтобы использовать типовые возможности надо получать форму и вызывать нужную процедуру. Но это тормознуто и мягко выражаясь не правильно.
Может все таки есть вынос процедур для пересчета налогов, начислений и т.д в месте доступном на сервере ?

(0) оно есть = это видно.

Однако, никакого документирования у все этой кухни нет, а она весьма многообразна и довольно сумбурна по сути, увы.

Реально, накрутили всего так много, что пойти по пути примитивного вызова формы намного проще и легче, если это одноразовое мероприятие, вызвать ее и не мучиться.

>>вызывать нужную процедуру
а она экспортная?

Правильно конечно докопаться до ближайшего серверного вызова, но с большой вероятность будет геморрой  с подготовкой параметров для передачи туда