Тестовая и рабочая база расположены на одном и том же SQL сервере (сервер №1). Сервер 1C предриятия тоже у них одинаковый (сервер №2).

В обоих базах  меееедлено выполняется простейший запрос к остаткам. В тестовой базе работает 1 человек.

Захвачено СУБД нет.

Толстые клиенты запускал и на локальной машине и терминальном сервере. Т.е проблема не рабочей машине

Вопрос. Из-за чего тормозят эти базы? Сервер 1C или агент сервера?

Это говорит о том, что среда тестирования и продуктив не разделены.

Ничего не понятно из вопроса.
Что за сервера, что за версии ПО, какие  размеры баз, какая конфа, и т.д.
Пойду, кофе заварю и погадаю на гуще.

значит тормозит железо или запрос кривой

Сервер СУБД скорее всего тормозит.
Но запрос бы уточнить, а то "простейшие" бывают такие которые сотни тысяч строк выдают. Тогда тормозит вывод 1Сный...