Своя мини wms система. Склад - ровная поверхность на которой лежат ящики с товарами на полу (могут иногда друг на друге). Склад поделен на разные зоны линиями на полу(с нумерацией, но без штрих-кодов). Зоны могут быть разной формы и размеров
Кладовщик работает на смартфоне, который подключен через RDP к 1C. При приемке товара он кликает на схеме по ячейке куда кладет товар.

На смартфоне надо отобразить план склада с нарисованными зонами и где лежит товар.
  
Как лучше нарисовать схему (есть рисунок в png формате), вывести зоны и нарисовать товар?

Табличный документ + раскрашивание ячеек в соответствии с занимаемой площадью ящика + фоновый рисунок табличного документа со схемой ?

Какие еще есть вариатнты?

варианты:

HTML документ
географическая схема
UML схема

Зачем рисовать всю схему? Сделай быстрый выбор ряда\зоны, таким образом все что останется кладовщику - ввести номер ячейки из пары цифр.
Или даже ввести полный номер ячейки в виде зона-ряд-место будет быстрее чем искать это на схеме

И в итоге что выбрал?

(0) Идея хорошая но реализовывать на 1С будет геморройно.

Попробуй для начала через табличный документ.
Прочие варианты будут более тормозные или уже отказываться от 1С и нечто более нативное делать.