Если добавлять так

СписокВидовЦен.ЗагрузитьЗначения(Запрос.Выполнить().Выгрузить().ВыгрузитьКолонку("Ссылка"));

Настройка.ПравоеЗначение = СписокВидовЦен;

то все элементы с пометками. хотя когда смотрю СписокВидовЦен, то все пометки сняты.

Также не понятно почему при компоновке результата (в модуле объекта) этот список в польз. настройке содержит не все позиции (если снять некоторые галки). При этом в форме список содержит все позиции, но только какие-то с пометками, какие-то без.

Задача в прайс "запихать" по умолчанию все виды цены (если список пустой при открытии).

Пользовательские и стандартные настройки - разные вещи
Сделай параметр необязательным.