Как правильно обрабатывать отрицательные остатки?

Мы никак не обрабатываем. В крайнем случае разбираемся, по какой причине они отрицательные.

(0) Конкретно говори что что ты хочешь обработать?
откуда они появились?

Может автор пересорт имеет ввиду?
В некоторых конфах, когда отрицательные остатки являются следствием пересорта, на основании Отчета о продажах делается док Акт пересортицы. В стандартных 1С (Розница, УТ) такого нет.

(0) Самое простое - оприходовать отрицательные остатки, по итогам инвентаризации списывать излишки

(0) для начала разобраться с появлением отрицательных остатков, а уже потом действовать по обстоятельствам.
У нас есть документ Пере сорт по сериям (т.к. по серийный учет) и при продаже не всегда правильно продавец выбирает нужную серию.