Через что запускаете регл. задания:
средствами 1С или через планировщик заданий win?

С админом возник спор. Он говорит, что лучше задания запускать через планировщик (он знает 1С-ков, которые так делают). Лично я ни разу с таким предпочтением не сталкивался, если речь идет о базе на сервере.
Что думаете по этому поводу?

http://www.xstarter.com/rus/

Если серверная база - пофиг в прирнципе.
Если файловая - без вариантов планировщик, ибо в файловой они не работают сами по себе.

Смотря чего делают регл. задания.
Есть такие, которые умеют делать то, что от них требуется, только под пользователем инфобазы 1С (а не DefUser, для которого, например, отключить защиту от опасных действий персонально нельзя - только для всей инфобазы целиком).
Ну и планировщик регламентных заданий (который в кластере) может просто заглючить и перестать выполнять регл. задания (впрочем, как и виндовый, наверное, но за виндовым контроля больше можно сделать), либо начать ставить их в очередь (когда свободные порты рабочего сервера кончатся).

Отдельная база, в которой все регламентные для всех баз, чтобы этим всем гогном в одном месте управлять и при создании копий ни чего не куда само не отправлялось. В самой этой отдельной базе - штатный механизм регзаданий.

Но, если бы надо было запускаться не средствами 1С, я бы выбрал apache ant или даже grunt.js. На худой крайняк nnCron. Потому, что от этого всего конфиги понятные, их можно версионировать и там прозрачно всё, а виндовый планировщик - струйня на палке.