При сравнении и объединении слегка измененной конфигурации задваиваются имена метаданных.

Раньше таких задвоений не было. Если я правильно понимаю то поиск происходит не по имени а по каким-то идентификаторам. Почему это могло слететь и как это правильно поправить?

обновить чистую конфигурацию,  затем перенести изменения из предыдущей