Как передаются документы в бухгалтерию, если в УТ отгрузка по нескольким складам в табличной части, ведь в БП такого нет?
Что будет если эту возможность включить не с начала ведения учета?

(0) вообще сделать один склад в БП. Зачем там склады, если они уже в УТ ведутся?

(1) учет уже ведется там....  не перепроводить же.

(2) так вы еще и не проводили.

в БП достаточно двух складов (оптовый и розничный). Склады УТ в топку :)

(0) Если в УТ отгрузка с группы складов (в ТЧ несколько складов), то в настройках синхронизации с БП выгрузку аналитики по складам нужно отключать