Есть документ Расходная накладная, но при пометке на удаление метится совсем другой документ- ПКО. Т.е. в журнале он есть, но ссылка ведет в другой документ. Как от него избавиться?

Тестирование и исправление сделать

реиндексациюс . если база файловай то удалите файлы иедексов пред реиндексацией

(2) Не помогает.

Близкий вопрос. В 1sJourn есть дубли в поле iddoc. Кто посоветует как лечить ?

Сначала вычисляем дубли:
    |SELECT
    |    iddoc, ROWID
    |FROM
    |    _1SJourn as ???1
    |    INNER JOIN _1SJourn as ???2
    |WHERE
    |    ???1.IDDOC = ???2.IDDOC
    |ORDER BY
    |    iddoc
Потом удаляем лишнее:

DELETE FROM 1sJourn WHERE ROWID = N

|SELECT
    |    iddoc, ROWID
    |FROM
    |    _1SJourn as Жур1
    |    INNER JOIN _1SJourn as Жур2
    |WHERE
    |    Жур1.IDDOC = Жур2.IDDOC
    |ORDER BY
    |    iddoc

Вообще-то, это последствия кода:
НачатьТранзакцию();
Записать();
ОтменитьТранзакцию();
и прочих подобных приключений.
Проще всего редактором DBF-файлов, поменять ID у одного из "склеенных" документов.

И зачем удалять - создаём новый документ с типом сдвоенного - а далее, новую запись метим на удаление, а полученный идентификатор пихаем в записи "сдвоенного" документа.