Регламентное задание совершает обмен данными. Есть документ который не хочет проводится и в обмен не попадает. Если его проводить из-под клиента проводится, а регламентное задание его не проводит. Как найти из-за чего такое происходит. Пошаговой отладкой? Есть ли более быстрый способ

обменйся только им и посмотри

Ошибки быть не может документ не проводится на сервере. Наверное есть какая-то функция которая не выполняется на сервере(Сообщить() и тому подобные), в конфигурации также есть   защищенные функции. Чтоб не было в них что-то