Что нужно прописать в ПКО чтобы в зависимости от условия элемент не загружался в базу-приемник?

(0) Отказ = Истиниа

В любых обработчиках загрузки, начиная с ПоляПоиска и заканчивая ПослеЗагрузки

Запрос = Новый Запрос("ВЫБРАТЬ
                       | СоответствиеНоменклатурыУТиБП
                       |ИЗ
                       | Справочник.СоответвиеНоменклатурыУТиБП КАК СоответствиеНоменклатурыУТиБП
                       |ГДЕ
                       | СоответствиеНоменклатурыУТиБП.КодВУТ = &КодВУТ");
Запрос.УстановитьПараметр("КодВУТ", Код);
Результат = Запрос.Выполнить().Выбрать();
Если Результат.Количество() > 0 Тогда
    Отказ = Истина;
КонецЕсли;

Если так прописываю, вообще никакие данные не загружаются.

Добавь туда вывод диагностических сообщений, или отладь загрузку в отладчике

(0) В ПВД ставь Произвольный запрос выборки и выбирай сразу те данные, которые нужно передавать.
Не надо запрос в цикле делать.

(5) Если на этапе выгрузки это можно определить (что нужно загружать, а что не нужно), то да - нужно фильтровать на этапе выгрузки. Но такое возможно далеко не всегда

(3) а в запросе нет ошибки разве? СоответствиеНоменклатурыУТиБП -> СоответствиеНоменклатурыУТиБП.Ссылка, 1, *