В некоторых операциях (приходные накладные) не были проставлены договора с контрагентом, из-за этого эти операции не попадали в КУДИР.
Я обработкой договра проставил, но они все равно не попадают.
Надо что-то перепровести.

Подскажите какие документы надо перепровести,
чтобы исправленные операции попали в книгу?
Оплату поставщикам?

Если речь о признании расходов по товарам, то в зависимости от параметров учетной политики может потребоваться перепроведение оплат поставщикам,отгрузок покупателям и оплат от них. Проще перепровести все документы за нужный период.