В источнике в требовании есть реквизит "наряд", в приемнике такого реквизита нет. Создал для требования доп. сведение "Наряд".
В обработчике ПКО "ПослеЗагрузки" :
ЗаписьРС = РегистрыСведений.ДополнительныеСведения.СоздатьМенеджерЗаписи();
    ЗаписьРС.Объект = Объект.Ссылка;
    ЗаписьРС.Свойство = ПланыВидовХарактеристик.ДополнительныеРеквизитыИСведения.НайтиПоНаименованию("Наряд");
    ЗаписьРС.Значение = ПараметрыОбъекта["Наряд"];
    ЗаписьРС.Записать();
но если записывается первый раз то ссылка еще не определена. Приходится повторять еще раз.
Как правильно ?

1. В параметр перед выгрузкой передай УИД Источника(будет строка).

2. В ПКО:
У объектов есть метод "УстановитьСсылкуНового(**тут сгенерируй свой ссылку на основе переданного параметра****)"

Почитай "информацию по обработчикам" в конвертации там все параметры описаны.

Точнее передай УИД твоего "Наряда".