В конфигураторе\предприятии открываю файл.
Захожу в нужный каталог - обработки не вижу.
Захожу в каталог через "Проводник", обработка на месте.
Копирую наименование файла.
Вставляю в 1С, в диалоге выбора файла - обработка открывается.

Что за фигня и как лечить?

Тип открываемых файлов какой?

Невидимые файлы в корне диска. Видно только через 1С 7.7. Что это?

(1) epf
(2) Восьмерка же.

(3) Уже прочитал всю тему?

(4) Не. В (3) нет.
Вроде нету никаких виртуализаций.