При выводе некоторых документов, например, счет-фактур, в печатном документе выводится только числовая часть номера. Счет-фактура № 6536  от 19 мая 2014 г. вместо Счет-фактура № ЦООО-0006536  от 19 мая 2014 г.
Есть где настройки, чтобы выводился полный номер?

ищите в константах. И добавьте букву префикса организации.
Либо пилите печатные формы и гуглите по словам "лидирующие нули"

Я специально просмотрел все константы. Не увидел ничего подходящего.
Префиксы у организаций введены. По этой причине и ставится, например, номер ЦООО-0006536. Но на печати 6536

префикс к этой базе как узлу поставьте

Не совсем понял. Что значит "префикс к этой базе как узлу"?

риб когда настраиваете там задается префикс базы этого узла