Сейчас работает так, что изменения не обратимы, т.е документ записывается и данные отображаются, как сделать так чтобы изменения были обратимыми, как это было для обычного приложения

ап

перестать записывать документ?

перписать конфигурацию, ибо запись идет до вызова обработки заполнения

(3) Ну т.е стандартными средствами нельзя?

Стандартными средствами сначала документ записывается, потом запускается обработка заполнения табличной части. И вот тут возможны нюансы. См обсуждение: v8: Внешнее заполнение табличной части в 3.0