Скажите возможно организовать 2 базы 1с использующие один фискальный регистратор?

да, многопользовательский режим драйвера тебе в помощь

В принципе, в момент пробития чека, регистратору и базе фиолетово сколько других будет потом.
А вот в момент закрытия смены придётся дорабатывать, чтобы Z-отчёт на регистраторе не снимался (и снимать его потом отдельно), также желательно из каждой базы пробивать по своему отделу.