Добрый день! До 2014 года учет велся в УСН (версия 7.70.220), учет зарплаты велся в ЗиК, настроен объект налогообложения "Доходы". Проблема в следующем: при формировании КУДИР за 2013 год 4й раздел не заполняется. В чем может быть проблема? Что и где нужно настроить?

См. Документы - Регламентные - Запись книги учета доходов и расходов". Читай справку к этому документу.
См. Помощь - Дополнение к Описанию - Изменения в релизе 7.70.212