Новые элементы справочника с видом миграции "Все информационные базы" не выгружаются из периферийной в центральную базу. Пробовал перезаписывать - обмен не происходит. Автоматическая регистрация изменений установлена

(0) Чего-то ты не договариваешь...

как определяешь что "не выгружаются"?
в файле обмена и журнале регистрации ЦБ смотрел? Может тупо коллизия

чудес не бывает ... смотри внимательнее + что то в виде
РегистрацияИзменений
Синтаксис:
РегистрацияИзменений(парам)
и прочие приколы нашего городка
+ перефирия не только получатель случаем ?

(3)  перефирия не только получатель случаем - Вы правы

только получатель - поэтому не выгружаются