Скажите, а в системе компоновки данных можно создать отчет в котором бы отмечался документ, например галочкой и шло бы сохранение....Далее при открытии опять этого отчета и выбора того же периода галки в отмеченных документах сохранялись?

Помогите пожалуйста :(

Хоть идею подскажите!

что сохранять и куда?)))

выводи в тз-тч

Начни с ОбработкаРасшифровки(<Расшифровка>, <СтандартнаяОбработка>)
Из данных расшифровки по индексу (<Расшифровка>) получай документ и ставь в нем галочку (или в каком-нибудь связаном регистре сведений).
Если расшифровка не содержит документа, то задай макет, где в поля расшифровки добавь ссылку на документ.