Я делал двумя разными подзапросами и объединял их по своему условию.
Хотя в твоём случае (в зависимости от типа отчета нужно выбирать разные регистры) разные отчёты по логике должны получиться.
ВЫБРАТЬ
ТМЦВЭксплуатацииОстатки.ОСИнвентарь как ос
ПОМЕСТИТЬ таб1
ИЗ
РегистрНакопления.ТМЦВЭксплуатации.Остатки(, &ВыбиратьИзПервойТаблицы) КАК ТМЦВЭксплуатацииОстатки
;
ВЫБРАТЬ
ТМЦНаСкладахОстатки.ОСИнвентарь как ос
ПОМЕСТИТЬ таб2
ИЗ
РегистрНакопления.ТМЦНаСкладах.Остатки(, НЕ &ВыбиратьИзПервойТаблицы) КАК ТМЦНаСкладахОстатки;
////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
ВЫБРАТЬ
Таб1.ос
ИЗ
Таб1 КАК Таб1