И раньше было полно моментов, где исправить легко (галочку поставить на еще одном типе объекта), а обновлять потом сложно - списки документов загружаю в ексел и сравниваю файлы.
Теперь любое изменение - начинается с добавления галочек в общие команды, функц. опции и т.д.
Как потом обновлять-то?

не изменять...

делать доступность изменений только конкретным объектам

В бсп можно накопировать своих команд, а потом не парится.

зачем галочки добавлять? делай копии команд со своим составом