Можно ли в настройках параметров учёта, в разделе "Выплата зарплаты" установить флажок "Упрощенный режим взаиморасчетов", когда в базе уже есть документы? Т.е., зарплата будет считаться выплаченной после проведения документов "Зарплата к выплате организаций", без создания платёжных документов. Не повлияют ли изменения на уже введенные данные?