Нужно пройтись по табличным частям документа, и для той номенклатуры что там есть, вытянуть цену из периодического регистра сведений, на дату этого документа.

Одним запросом это решается? Если да, то как?

Можно, но много соединений надо делать. ИМХО не нужно это.

v8: Запрос на дату документа в Регистре.Сведений. Классика

А может сначала данные табличных частей скинуть в одну таблицу и по ней сделать запрос по регистру?

Книга знаний: Срез последних на каждую дату в запросе