1)1-й Вопрос:
"Важно! Не поддерживается корректировка стоимости списания для документа "Комплектация номенклатуры", в состав комплектующих которого входит сам комплект" -
в справке есть такой комментарий, распространяется он на случай когда Комплект участвует не в одном документе, а в разных - в одном собирается , а в другом разбирается? Комплектация (выпуск).

2) 2-й Вопрос:
Проблема: раньше велись Комплектации с видом операции "комплектация", это не совсем правильно, решили переделать на Комплектация (выпуск). В итоге по некоторым позициям номенклатуры на остатке на 10.01 завышенная себестоимость. Виновато закрытие месяца - Расчет себестоимости - приходует непонятные суммы на 10.01 по этим позициям.

Кто сталкивался подскаджите куда копать?

(0) используй ФИФО

"Оценка средней стоимости по МПЗ" стоит "По средней стоимости",если поменять на ФИФО(это имелось ввиду?), чем грозит базе 3 года?

Вообще какие настройки правильнее использовать в случае если мы используем Комплектацию (выпуск) для одних позиций ,а для других ОПзС(отчет производства) и ТН(требование-накладная). Причем Комплект формируемый в Комплектациях (выпуск) перемещается в производство документом ТН.

причем остатки были введены корректировкой записей регистров (партии товаров на складах), может в этом проблема?