ВЫБРАТЬ
  Номенклатура.Ссылка КАК Ссылка
ИЗ
  Справочник.Номенклатура КАК Номенклатура
ГДЕ
  Номенклатура.Ссылка В ИЕРАРХИИ(&Ссылка)
  И Номенклатура.ЭтоГруппа = ЛОЖЬ
ИТОГИ ПО
  Ссылка ТОЛЬКО ИЕРАРХИЯ

Простой запрос выдает:

-Папка 1
  - Папка 2
     - Элемент 1
     - Элемент 2
  - Папка 3
     - Элемент 1
     - Элемент 2
-Папка 1
     - Элемент 1
     - Элемент 2

А надо так:
-Папка 1
 - Папка 2
    - Элемент 1
    - Элемент 2
 - Папка 3
    - Элемент 1
    - Элемент 2
 - Элемент 1
 - Элемент 2

либо у тебя две разные папки имеют одно наименование, либо у тебя галлюцинации

Папки идентичны

Тоеть это одна и та же папка