Программа дает возможность использовать уже созданные начисления с точкой. Можно ли добавлять свои начисления в неограниченном количестве кроме этих с точкой?
  Не вызовет ли это каких либо проблем в работе с зуп2.5?

Да нет конечно. Конфигурация предусматривает использование настраиваемых пользователем начислений и удержаний.

Не подскажите в каких регистрах накопления накапливается начисленная зарплата за месяц для расчета средней

(2) ни в каких

(3) нет, вру, средний для больничного сейчас в регистре накопления