После проведения свертки базы, требуется удалить помеченые на удаление элементы, но в корректировках записей регистров на них висят ссылки.
Как лучше поступить, удалить?
1. Удалить документы и пусть в корректировка висит "Объект не найден"
2. Чистить ссылки и удалять стандартно

А чем они мешают?

(7) предупреди, зафиксируй в письменном виде желание удалить, и удали. когда вылезет - будет куда ткнуть носом.

п.1 - полный тупизм.