Почему не совпадают итоги реестра документов по контрагенту (поставщику) и итоги ведомости по партиям ТМЦ по этому же поставщику за одинаковый период времени

инвентаризация ?

причин полно

Делю анализ  товара по определенным поставщикам в денежном и количественном выражениях.  Как добиться одинаков цифр?

группировку документ включи
+ мозг

Потому что были возвраты?

(0) Ну найди какую-то позицию товара по которой расхождения, потом анализ этой позиции до движений. Визуально сравни и поймешь.

например итоги реестра документов по поставщику - как правило с НДС, а отчет - без...

(0) Переходи на восьмерку, там всё совпадает.

Отрицательные остатки

Снимаешь и тот и тот отчет за месяц - не сходятся - делишь период пополам - и выходишь на нужный документ...