Итак ести одна правило конвертации с одним параметром->Склад(он может иметь 2 значении МойСклад1 или МойСклад2)
Как программно можно менять параметр Склад и заново запустить выгрузку но уже по значении параметра Склад(в этом случае уже по МойСклад2.) в новый файл по той же правиле :)