Клиент видить ячейки у склада. То есть товар пришел на такой то склад, в такую то ячейку. При продаже/перемещение/списание он ее освобождает, туда может быть всунут другой.
Нужен партионный учет (ФИФО).
Комплектация номенклатуры (не так важно, легко допиливается)
Обмен с бухой.

Подскажите конфигурацию которая максимально подходит... Пока остановился на УТ 10.3, но не могу до конца понять позволяют ли места хранения реализовать описанный учет..

УТ 10.3 подходит без переделки. Только ячейки необходимо задать в качестве складов. Каждая ячейка - это склад.
В УТ 11.0 реализован учет и в разрезе складов и в разрезе ячеек.