Как в запросе выбрать накладные по реализации,в которых обязательно должны быть указанные позиции, причем все позиции а не некоторые из списка. Если в накладной нет хотя бы одной позиции то в выборку она не должна попадать?

список искомой номенклатуры засунь в ТЗ, ТЗ засунь в запрос и соедини ее внутренним соединением с табличной частью документа

ВЫБРАТЬ
ВТ.номенклатура
ПОМЕСТИТЬ ТаблицаНоменклатуры
ИЗ &ВТ КАК ВТ
;
ВЫБРАТЬ
док.Ссылка
ИЗ Документ.НакладнаяПоРеализации.Товары как Док
ВНУТРЕННЕЕ СОЕДИНЕНИЕ ТаблицаНоменклатуры ПО Док.Номенклатура = ТаблицаНоменклатуры.Номенклатура
СГРУППИРОВАТЬ ПО Ссылка

(1) Из нескольких позиций совпадет одна, что этот алгоритм даст в этом случае?

Если совпадает только одна, то накладная не должна попасть в выборку.

да, лажа получается. Надо так попробовать:

ВЫБРАТЬ
док.Ссылка
ИЗ ТаблицаНоменклатуры  
ЛЕвОЕ СОЕДИНЕНИЕ Документ.НакладнаяПоРеализации.Товары как Док ПО Док.Номенклатура = ТаблицаНоменклатуры.Номенклатура
ГДЕ не Док.Ссылка ЕСТЬ NULL
СГРУППИРОВАТЬ ПО Ссылка

Тогда остается только перебор выборки по условиям?

(6) нет. Надо просто сесть и подумать

(7) Количество забыл. в том числе.