В типовой конфигурации счета -фактуры на суммовые разницы можно сформировать и зарегистрировать в подсистеме учета НДС
1. Только с использованием документа "Счет-фактура выданный" вида "На суммовую разницу"
2. Только с использованием обработки "Регистрация счетов-фактур на суммовые разницы"
3. С использовнием документа "Счет-фактуа выданный" вида "На суммовую разницу или обработки "Регистрация счетов-фактур на суммовые разницы"
4. И использованием документов "Счет-фактура выданный" или "Счет-фактура полученный вида "На суммовую разницу" , а также с использованием обработки "Регистрация счетов-фактур на суммовые разницы"