Имеется некий отчет на СКД, в котором делается выборка
из справочника. Выборка пока идет по трем полям. И в режиме
предприятия сейчас можно видеть только эту выборку.
Каким образом реализовать настройку, что бы
пользователь сам, в режиме предприятия мог делать себе
любые выборки и сохранять их в качестве настроек?

Нужно подправить запрос в СКД

(1) А каким образом подскажите???

(2+) Пока там выборка нескольких полей
Достаточно ли для этого добавить в выборку ссылку?

Ну добавляй конструкции типа (Справочник.Реквизит.*)

(4) ну они там добавлены. В чем смысл доработки?
перекинуть все необходимые реквизиты?
но а ссылка это же ссылка на все реквизиты?

Мне отсюда не видно, что там у тебя есть и что требуется (что понимается под "делать себе любые выборки")

(0) вообще ничего не понятно. "ты не мудри, ты пальцем покажи" (с) чукча

в конструкторе запроса перейти на вкладку "Компоновка данных" и добавть поля в закладку "поля" и "отбор"

(6) Ну видимо то что пользователь в режиме предприятия
может открыть натсройку и выбрать для выборки разные поля
по своему выбору.

Ну это де и так доступно?

ВыбранныеПоля добавь в пользовательские настройки.